В декабре 2005 года представитель главы «Российского Императорского Дома»Марии Владимировны Романовой направил в прокуратуру РФ заявление о реабилитации как жертв политических репрессий расстрелянного бывшего императора Николая II и членов его семьи[. По заявлению, после ряда отказов в удовлетворении, 1 октября 2008 года Президиум Верховного суда РФ принял решение о реабилитации последнего российского императора Николая II и членов его семьи (несмотря на мнение генпрокуратуры РФ, заявлявшей в суде, что требования о реабилитации не соответствуют положениям законодательства ввиду того, что данные лица не были арестованы по политическим мотивам, а судебного решения о расстреле не принималось).
30 октября того же 2008 года сообщалось, что Генеральная прокуратура РФ приняла решение о реабилитации 52 человек из окружения императора Николая II и его семьи.
В декабре 2008 года на научно-практической конференции, проведённой по инициативе Следственного комитета при прокуратуре РФ, с участием генетиков из России и США было заявлено, что останки, найденные в 1991 году под Екатеринбургом и преданные земле 17 июня 1998 года в Екатерининском приделе Петропавловского собора (Санкт-Петербург), принадлежат Николаю II. В январе 2009 года СКП завершил расследование уголовного дела по обстоятельствам гибели и захоронения семьи Николая II; расследование было прекращено «в связи с истечением сроков давности привлечения к уголовной ответственности и смертью лиц, совершивших умышленное убийство»
Представитель М. В. Романовой, именующей себя главой Российского императорского дома, в 2009 году заявлял, что «Мария Владимировна всецело разделяет в этом вопросе позицию Русской православной церкви, не нашедшей достаточных оснований для признания „екатеринбургских останков“ принадлежащими членам царской семьи.». Другие представители Романовых во главе с Н. Р. Романовым заняли иную позицию: последний, в частности, принял участие в погребении останков в июле 1998 года, сказав: «Мы приехали закрыть эпоху.»
